Olá Elaine
Como o imóvel e o contrato de locação estão em nome da pessoa física, a receita do aluguel pertence à pessoa física e não à empresa, mesmo que o valor esteja entrando na conta bancária do CNPJ. Assim, a empresa não deve reconhecer esse valor como receita operacional, mas apenas contabilizar como valor de terceiros ou obrigação com sócio.
Quando o aluguel entrar na conta da empresa, o lançamento pode ser: débito em Banco e crédito em Obrigações com Sócios/Valores de Terceiros. Quando houver o repasse ao proprietário, faz-se o inverso: débito em Obrigações com Sócios e crédito em Banco. Se o imposto do aluguel for pago diretamente pela pessoa física, a empresa não contabiliza despesa tributária alguma. Caso a empresa efetue o pagamento do imposto usando sua conta bancária, o valor também deve ser lançado contra a obrigação do sócio, pois trata-se de tributo da pessoa física e não da empresa.
O cuidado principal é não registrar o aluguel como receita do CNPJ para evitar tributação indevida, aumento artificial do faturamento e problemas fiscais ou de compliance.
Espero ter ajudado.