Olá Fabio
Se a nota fiscal foi emitida sem retenção de ISS e o cliente efetuou o pagamento a menor descontando indevidamente esse imposto, o valor não recebido deve permanecer registrado como um direito da empresa na conta de clientes (contas a receber). No recebimento parcial, registra-se a entrada do valor efetivamente pago em bancos e a baixa correspondente em clientes, permanecendo o saldo pendente. Quando o cliente realizar o estorno do desconto e pagar a diferença, registra-se a entrada do valor complementar em bancos e a baixa do saldo remanescente em clientes. Caso o valor descontado tenha sido contabilizado equivocadamente como ISS retido a recuperar, será necessário reclassificar o lançamento, revertendo a conta de ISS retido quando ocorrer o pagamento complementar. Em essência, como não houve retenção efetiva do ISS, o desconto realizado pelo cliente representa apenas um valor temporariamente em aberto a receber.
Espero ter ajudado.