Olá, bom dia!
Há duas formas do sócio receber dinheiro da empresa: Por meio da distribuição de lucros, ou por meio do pró-labore.
No seu caso, é necessário fazer a devida organização a fim de se enquadrar nas regras vigentes. Ou seja, só existe distribuição de lucros, se de fato tiver lucro acumulado, ou lucro após o encerramento das contas.
Por outro lado, há o pró-labore, que deve ser pago ao sócio que labora na empresa. Este valor, exige o pagamento do INSS. No seu caso, seria uma opção para resolver a discrepância atual, entre o valor em caixa e o lucro contábil.
Porém, é interessante pontuar ao cliente a necessidade de organizar e fazer retiradas de lucro de fato, apenas após o fechamento, ou de acordo com o valor de lucros acumulados.
Espero ter ajudado.