Olá Yasmim, tudo bem?
Para empresas no Lucro Real, a dedutibilidade de despesas depende da existência de documento hábil e idôneo (como você citou). No caso de serviços prestados por uma agência de viagens, a nota fiscal é obrigatória, pois se trata de uma prestação de serviços por pessoa jurídica.
Relatórios de viagens, comprovantes de embarque, pagamentos e recibos podem complementar a documentação, mas não substituem a nota fiscal. Solicita ao seu cliente para verificar com a agência o porque não emitiram a nota fiscal, como se trata de PJ x PJ, teriam que emitir a nota sim.
Uma vez que sem a nota fiscal, a despesa não é considerada dedutível para fins de IRPJ e CSLL.
Espero ter ajudado!