Olá, Boa noite.
Normalmente as dividas não impedem o desenquadramento, visto que tecnicamente o MEI é do grupo do SN.
Mas atenção, as dividas podem levar a empresa a perder o SN e ser desenquadrado para o regime Normal (REAL ou PRESUMIDO.
A escolha é feita em novembro com validade para o ano seguinte.
Espero ter ajudado.