Olá Cristiane, tudo bem?
Geralmente, é possível realizar a baixa do CCMEI antes do registro do livro contábil, desde que não haja pendências que exijam o CNPJ ativo para serem resolvidas. No entanto, se houver a intenção de arquivar o livro na Junta Comercial ou transmitir alguma obrigação que depende do CNPJ, o mais seguro é concluir o máximo de etapas antes da baixa. Como o MEI não possui certificado digital, a transmissão pode ser feita normalmente utilizando a procuração eletrônica em nome do contador. Após a baixa, ainda é possível entregar declarações como a DASN-SIMEI, mas o envio de obrigações acessórias mais complexas ou o registro de livros de anos anteriores pode ser comprometido.
Espero ter ajudado!