Olá Lana, tudo bem?
Via regra geral, não há previsão de dedução do valor de materiais utilizados na prestação de serviços. Ou seja, a tributação normalmente recai sobre o valor total recebido pelo prestador, e se a receita entra na conta da pessoa jurídica, o fisco tende a considerá-la como receita da empresa.
No entanto, para os serviços previstos nos itens 7.02 e 7.05 da lista de serviços da Lei Complementar nº 116/2003, é possível deduzir da base de cálculo do ISS o valor dos materiais aplicados (Resolução CGSN nº 140/2018, art. 25, §17).
Na prática, entendo que para formalizar essa operação, o mais seguro seria que a clínica veterinária cobrasse apenas pelo serviço prestado, emitisse a nota fiscal apenas por esse serviço, e que o cliente realizasse o pagamento da Vacina diretamente à empresa fornecedora da vacina. Isso ajuda a evitar que a receita da venda das vacinas seja considerada da clínica.
Se a clínica continuar recebendo o valor 100% de tudo, a receita federal poderá entender que tudo será receita da clínica veterinária.
Espero ter ajudado!