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Olá Drieli, tudo bem?

Não tenho uma base legal para indicar uma forma correta registrar essas transferências, da forma como tem sido feito.

O correto nessa situação, vai depender da operação: se for prestação de serviço, deve ser emitida nota fiscal; se for realmente um empréstimo, precisa existir um contrato formal com condições claras (prazo, juros, pagamento) e a contabilidade deve refletir isso.

É importante explicar ao cliente que registrar de forma incorreta e transferir valores assim, pode gerar problemas em uma fiscalização, inclusive questionamentos da Receita Federal.

Espero ter ajudado.