Olá, Lucas. Tudo bem?
Nesse caso, o ideal é primeiro realizar um levantamento detalhado dessas entradas bancárias para identificar quais valores realmente correspondem a receitas da empresa e quais poderiam ter outra natureza.
Se ficar comprovado que os recebimentos são decorrentes de vendas/prestações de serviços não faturadas, então houve o fato gerador da receita, independentemente da emissão da nota fiscal. A emissão da NF é uma obrigação acessória, mas a receita já existiu no momento da operação e do recebimento.
Sobre os lançamentos em “Adiantamento de Clientes”, será necessário reclassificar contabilmente os valores que não representam efetivamente adiantamentos, ajustando o passivo e reconhecendo corretamente a receita da empresa, quando assim, forem tributados.
Além disso, é importante orientar o cliente quanto aos riscos fiscais da omissão de receitas, principalmente porque os valores transitaram pelo banco, podendo ser identificados em eventual fiscalização ou cruzamento de informações.
Espero ter ajudado.