Olá Patrícia, tudo bem?
Sobre a parte contábil, uma alternativa é registrar o valor que entrou na conta da pessoa física como um empréstimo feito pelo sócio à empresa.
No entanto, é importante avaliar a parte tributária. Como o valor foi recebido na conta da pessoa física, a Receita Federal pode entender que essa quantia pertence à pessoa física e, por isso, pode exigir o pagamento de imposto de renda sobre ela.
Emitir nota fiscal apenas para controle não resolve a situação, foi uma situação um pouco complexa, mas acredito que elaborar o contrato de empréstimo talvez consiga justificar a situação. E a nota fiscal precisa refletir uma prestação real, com tomador identificado e dentro do prazo correto.
O ideal é orientar o cliente a solicitar a alteração do contrato com o tomador, para que os próximos pagamentos já entrem diretamente na pessoa jurídica.
Espero ter ajudado!