Olá Patricia, tudo bem?
Se o valor de R$ 2.500,00 recebido no cartão Swile for um benefício pessoal (como vale-alimentação) e não transitar pela conta da empresa, entendo que não precisaria ser tratado como receita da PJ. Nesse caso, o valor é um benefício direto ao profissional, pago pela contratante.
Porém, se ele estiver transferindo esse valor para a conta da empresa ou utilizando o saldo do cartão como forma de movimentar recursos da PJ, o valor passa a caracterizar receita. Nesse cenário, deve ser tributado conforme o regime da empresa.
É importante avaliar também o contrato com a contratante. O pagamento de benefícios típicos de CLT para uma PJ pode indicar uma relação disfarçada de emprego, o que traz riscos fiscais e trabalhistas. Uma vez que se a contratante estiver somando esses R$ 2.500,00 como parte da remuneração acordada no contrato com a PJ (e não do prestador diretamente), então pode haver risco de desconsideração da personalidade jurídica e autuação da Receita Federal, pois estaria configurando uma relação disfarçada de emprego (pejotização com benefícios típicos de CLT).
Espero ter ajudado!