Olá Camila
No Lucro Real, os rendimentos de aplicações financeiras entram sim na base de cálculo do PIS e da COFINS, porém com alíquotas diferenciadas (0,65% para PIS e 4% para COFINS), enquanto as receitas operacionais seguem as alíquotas normais (1,65% e 7,6%). No seu exemplo, o valor de PIS (R$ 13,63) está correto para a receita financeira de R$ 2.096,50, mas a COFINS total (R$ 5.661,14) certamente inclui também receitas operacionais, ou seja, o cálculo está coerente, mas exige segregação correta entre os tipos de receita.
O IRRF sobre aplicações financeiras não é custo, mas sim antecipação do IRPJ, podendo ser compensado diretamente na apuração do imposto e só indo para PER/DCOMP se houver saldo excedente.
Espero ter ajudado.