Olá, Mayara! Tudo bem?
Você pode tratar a retirada como empréstimo do sócio para a empresa, conforme art. 66 da Lei nº 9.249/95 e orientações da Receita Federal. Como não houve recolhimento de IRRF ou IOF na retirada, o valor pode ser devolvido à empresa, desde que:
Seja registrado formalmente como empréstimo, com contrato ou termo de devolução;
Se houver IRRF ou IOF que seria devido, a empresa avalie a regularização, mas não há penalidade se ficar claro que é devolução, sem caracterizar distribuição disfarçada de lucros (arts. 10 e 12, Lei 9.249/95);
Seja emitido recibo ou documento comprovando a devolução.
Como é empréstimo/mútuo, não há incidência de IRRF ou IOF na devolução, desde que não haja pagamento de juros. Ou seja, é apenas uma reposição de recursos, sem tributação.
Espero ter ajudado!