Olá Dandara, tudo bem?
O pró-labore precisa ser definido, registrado e pago todo mês, conforme a folha de pagamento. Não existe uma alternativa legal para “compensar” valores depois.
Se o valor informado na folha não puder ser totalmente pago por falta de caixa, o correto é ajustar o valor pró-labore para o valor que a empresa possa pagar.
Espero ter ajudado!