Olá, Sabrina. Tudo bem?
Essa situação depende da linha de atuação adotada pelo profissional (neste caso você), pois existem duas práticas mais comuns nesses casos.
Há contadores que optam por elaborar um balanço de abertura na data da migração e iniciar a escrituração contábil a partir desse momento. Nessa hipótese, eventual saldo bancário (da conta PJ) existente pode compor o balanço de abertura, além de saldos de clientes a receber, fornecedores a pagar, DAS-Mei a Recolher e outros.
Para mim, o ponto de maior atenção é que, como o MEI não possui obrigatoriedade de conta bancária jurídica, muitas vezes a movimentação ocorreu em conta de pessoa física. Isso pode dificultar a segregação patrimonial, exigindo análise criteriosa para verificar se o saldo realmente pertence à empresa.
Outra possibilidade é realizar um levantamento retroativo da movimentação do período como MEI e reconstruir toda contabilidade. No entanto, esse trabalho demanda tempo, análise detalhada e deve ser contratado pelo seu cliente (ele precisará pagar por isso).
No meu entendimento, quando não há organização anterior, a alternativa mais segura é elaborar um balanço de abertura e iniciar a contabilidade a partir da migração, orientando o cliente quanto à abertura de conta PJ e à separação entre pessoa física e pessoa jurídica.
Quanto ao DAS-MEI, se o pagamento ocorrer já na fase de ME e com recursos da conta da PJ, você vai realizar o registro contábil como obrigação referente ao período anterior à migração. Se o pagamento foi efetuado com recursos da PF, não há como registrar na contabilidade, pois o fato ocorreu antes da obrigatoriedade contábil e foi quitado com recursos da PF.
Espero ter ajudado.