Olá Letícia, tudo bem?
Se o saldo do branco é credor (negativo) a contabilidade deve refletir essa realidade. Na contabilidade, esse saldo negativo configura conta credora, indicando um valor devido ao banco, como cheque especial ou outra dívida de curto prazo. Dessa forma, o saldo negativo deve ser registrado normalmente para refletir a situação financeira real do cliente.
O que pode ser feito no final do ano (se ainda estiver negativo) é você transferir o valor credor para uma conta do passivo curto prazo (empréstimo bancário) e no inicio do ano seguinte, transferir novamente para o ativo para seguir com a contabilização mensal.
Espero ter ajudado!