Olá Leonel, tudo bem?
Acredito que talvez você precisará abrir um processo administrativo na Receita Federal, pelo e-CAC, pedindo a autorização para substituir a ECD fora do prazo ou fazer lançamento extemporâneos, uma vez que realizando uma consulta no manual da ECD, cita que:
11. Nos termos do item 15 do CTG 2001, somente os erros que não possam ser corrigidos por meio de lançamentos extemporâneos, como exemplificados no item 2, podem ser corrigidos com a consequente substituição da ECD já entregue.
12. Dessa forma, todos os demais casos de retificação de erros de períodos anteriores, que demandarem alteração de saldos das demonstrações contábeis devem ser efetuados contabilmente por meio de lançamento extemporâneo, isto é, nos livros contábeis da entidade, o lançamento de correção é registrado no ano corrente, como ajustes de exercícios anteriores, em contrapartida ao Patrimônio Líquido, em consonância com o parágrafo 1º do Art. 186 da Lei das S.A. Para fins de divulgação das demonstrações contábeis, a reapresentação das cifras comparativas ocorre no primeiro conjunto de demonstrações contábeis após a identificação do erro, nos termos da NBC TG 23 – Políticas Contábeis, Mudança de Estimativa e Retificação de Erro.
13. Tratamento similar ao descrito no item 12, ou seja, ajustes em que a ECD deve ser retificada por meio de lançamento extemporâneo.
Além disso, veja o que cita no perguntas e resposta da ECD:
2 - Caso as minhas dúvidas não tenham sido esclarecidas, como devo proceder?
Verifique as instruções de preenchimento da ECD no Manual de Orientação do Leiaute da ECD, disponível para download em: http://sped.rfb.gov.br/pasta/show/1569; ou envie sua dúvida para o Fale Conosco da ECD.
http://sped.rfb.gov.br/pastaperguntas/show/1487
Portanto, diante da complexidade da situação, também te oriento entrar em contato diretamente com a receita federal no fale conosco/chat e verificar com eles como você deve proceder neste caso em específico do seu cliente.
Espero ter ajudado!