Boa tarde!
A maneira correta de realizar essa escrituração é através de Contas Correntes entre Matriz e Filial no Ativo ou Passivo, e não utilizando as contas de Custo da Mercadoria Vendida (CMV). O CMV só deve ser reconhecido quando a mercadoria for efetivamente vendida para um cliente externo.
A matriz deve baixar o estoque e registrar o "crédito" que possui junto à filial pela mercadoria enviada. O lançamento correto é:
D – Conta Corrente Filial (Ativo Circulante)
C – Estoques (Ativo Circulante)
Valor: Custo histórico da mercadoria.
A filial deve registrar a entrada do item em seu estoque e a obrigação (ou redução de saldo) perante a matriz:
D – Estoques (Ativo Circulante)
C – Conta Corrente Matriz (Passivo Circulante ou Ativo Redutor)
Valor: Custo histórico da mercadoria (conforme nota fiscal de transferência).
espero ter ajudado.