Olá, Beatriz! Tudo bem?
Nesse caso, não há um procedimento específico previsto em legislação para regularizar bens que não foram registrados nem possuem documentação de aquisição.
O cenário correto seria a empresa ter a nota fiscal e o devido registro contábil do bem.
Diante disso, poderia verificar com um advogado tributário, por exemplo, sobre como formalizar a venda com um documento hábil entre as partes, mesmo sem o registro anterior.
Espero ter ajudado.