Bom dia, Samanta,
Boa pergunta, e essa dúvida é bem comum entre MEIs que atuam na área administrativa.
A definição do sindicato competente para a sua MEI depende da atividade econômica registrada no seu CNPJ, que é identificada pelo código CNAE. Para quem atua com suporte administrativo, faturamento e auxílio em tributação, os CNAEs mais comuns costumam ser o 8211-3/00 (serviços combinados de escritório e apoio administrativo) ou o 6920-6/01 (atividades de contabilidade), dependendo de como a atividade foi registrada.
O sindicato patronal — ou seja, o da categoria econômica do empregador — é determinado com base nesse CNAE. Para atividades de apoio administrativo, o sindicato patronal frequentemente é o SEAC (Sindicato das Empresas de Asseio, Conservação e Serviços) em alguns estados, ou o Sindicato das Empresas de Serviços Contábeis (SESCON) quando a atividade se aproxima mais da área contábil. Em outros municípios, pode ser o sindicato das empresas de serviços terceirizados ou de prestação de serviços em geral.
Já o sindicato dos empregados — que define o piso salarial e as condições da convenção coletiva que você deve seguir para o seu funcionário — é determinado pela função exercida pelo trabalhador, não pela atividade da empresa. Se o empregado exerce função administrativa, ele provavelmente se enquadra no Sindicato dos Empregados em Empresas de Assessoramento, Perícias, Informações e Pesquisas (SINDPD, em São Paulo, por exemplo) ou no sindicato dos trabalhadores em serviços administrativos da sua cidade ou estado.
O ponto importante aqui é que a convenção coletiva aplicável ao seu funcionário será a do sindicato da categoria profissional dele, cruzada com o sindicato da categoria econômica da sua empresa. Essa combinação determina o piso salarial, o reajuste anual, os benefícios obrigatórios como vale-alimentação e plano de saúde, e outras condições de trabalho.
Para ter certeza de qual sindicato se aplica especificamente ao seu caso, a forma mais segura é consultar diretamente o MTE (Ministério do Trabalho e Emprego) pelo portal empregabrasil.mte.gov.br, onde é possível identificar os sindicatos por CNAE e município. Também vale verificar diretamente no site do SESCON ou da federação equivalente do seu estado, pois eles costumam orientar MEIs e pequenas empresas da área.