Olá Vanessa, tudo bem?
Sim, você pode efetuar o pagamento complementar mesmo sem contato direto com o ex-funcionário, desde que o valor seja efetivamente depositado na conta bancária dele e você guarde os comprovantes.
O importante é demonstrar boa-fé e tentativa de quitação, ou seja:
Mantenha registros das tentativas de contato (prints, e-mails, mensagens etc.);
Realize o depósito na mesma conta utilizada para o pagamento da rescisão ou do salário;
Guarde o comprovante bancário e, se possível, anexe ao recibo complementar ou à folha de pagamento correspondente.
Dessa forma, você estará em conformidade, pois há prova do pagamento e da intenção de quitar corretamente os direitos do trabalhador.
Espero ter ajudado.