Olá Fernanda, tudo bem?
Sim, é possível reduzir o valor do pró-labore. Não existe uma lei que fixe valores mínimos ou que impeça alteração. A legislação apenas determina que o sócio que trabalha na empresa deve receber pró-labore e que sobre ele incidem INSS e IR conforme as regras.
Portanto, a empresa pode começar pagando R$ 6.000,00 e depois reduzir para R$ 3.000,00, desde que essa alteração seja formalizada e registrada corretamente na contabilidade e no eSocial.
Espero ter ajudado.