Olá, boa noite!
Pelos seus dizeres, essas práticas não são aceitáveis, configuram erros graves de contabilidade e podem ser caracterizadas como fraudes fiscais e criminosas. Embora escritórios desorganizados ou antiéticos recorram a esses "jeitinhos" para omitir faturamento ou mascarar a incompetência operacional, a teoria que você aprendeu na faculdade e no Contabilidade Facilitada é a que vale perante a lei.
Como profissional iniciante, o ideal é resguardar-se. Não assine balanços ou declarações que contenham essas fraudes e, se puder, procure oportunidades em escritórios que prezem pela ética e técnica contábil.
Alguns pontos de atenção, conforme exposto por você:
1º Alterar estoque: Irregular. Manipula balancetes mensais e distorce o lucro real ao longo do ano. O estoque deve refletir a realidade do período.
2º Duplicar desconto: Fraude Fiscal. Se o desconto já abateu a receita no cupom, lançá-lo novamente como despesa reduz o lucro de forma artificial e ilegal para sonegar impostos.
3º Trocar de regime: Ilegal. A opção pelo Lucro Real ou Presumido é irretratável para todo o ano-calendário (Lei 9.718/98). Mudar no meio do ano é proibido.
4º Fornecedores Diversos: Erro Técnico. Oculta a real destinação do dinheiro, impede a rastreabilidade e fere o princípio da fidedignidade.
5º Saídas sem documento: Grave. Lançar no banco sem comprovação destrói a validade jurídica da contabilidade e mascara desvios ou despesas pessoais dos sócios.
Espero ter ajudado.