Olá Kenia, tudo bem?
Em relação à PJ, o procedimento de baixa, agora que a empresa não é mais MEI, deve ser feito pela Junta Comercial.
Como a empresa não era mais MEI, é obrigatório cumprir todas as obrigações normalmente, incluindo contabilidade, apuração de impostos e entrega das declarações…
Caso existam débitos, é necessário realizar o parcelamento também.
No caso da PF, a situação é diferente: se houve recebimentos em CPF, o cliente deve preencher o Carnê-Leão, recolher o INSS como contribuinte individual e, se necessário, se cadastrar como autônomo na prefeitura para recolher o ISS. Se ele recebeu de PJ na conta pessoa física dele, a PJ deve fazer o RPA.
Espero ter ajudado!