Bom dia!
Perante a legislação, a escrituração se daria pelas notas fiscais de entrada e saída (que são obrigatórias).
Já o extrato bancário, é feito apenas a conciliação das contas, como pagamentos e recebimentos dessas notas.
Se encontrar divergências, verifique com o cliente o que pode ter ocorrido, para escriturar da maneira correta.
Espero ter ajudado.