Bom dia, Gracieli,
Que situação frustrante, mas entenda que isso acontece com mais frequência do que se imagina, então vamos pensar juntos no melhor caminho.
A boa notícia é que, na grande maioria dos casos, sim, é possível reutilizar o documento de aprovação do urbanismo (SETRAN ou setor equivalente da prefeitura) em um novo processo na Junta Comercial. Esse documento foi emitido pela prefeitura e tem validade própria, independente do que aconteceu com o processo na Junta. O encerramento do processo na Junta por falta de anexos foi um problema administrativo interno dela, e não invalida automaticamente o que foi aprovado pela prefeitura.
O que você precisa verificar primeiro é o prazo de validade do alvará ou da aprovação de viabilidade emitida pelo urbanismo. Cada município tem suas próprias regras, mas em geral esses documentos têm validade entre 180 dias e 1 ano a partir da data de emissão. Se o documento ainda estiver dentro do prazo, você pode simplesmente anexá-lo ao novo processo na Junta sem precisar pedir uma nova aprovação na prefeitura.
Se o prazo já tiver vencido, aí infelizmente será necessário renovar ou revalidar junto à prefeitura antes de prosseguir. Nesse caso, vale ir direto ao setor responsável e explicar a situação, pois às vezes o processo de renovação é mais simples do que o original, especialmente quando a aprovação anterior já consta nos registros deles.
Para o novo processo na Junta Comercial, você vai abrir normalmente como se fosse um processo novo, mas dessa vez já entra com todos os documentos completos, incluindo esse comprovante de aprovação do urbanismo. O erro anterior foi justamente a abertura sem os anexos necessários, então agora que você sabe o que faltou, é só garantir que tudo esteja junto desde o início.
Uma sugestão prática é você ir pessoalmente ao balcão da Junta Comercial do seu estado antes de protocolar e pedir para um atendente conferir o checklist de documentos com você. Isso evita um novo encerramento por motivo semelhante. Muitas Juntas também disponibilizam esse checklist no site oficial, o que já ajuda a organizar tudo com antecedência.
Se quiser me informar em qual estado você está, posso orientar de forma mais específica sobre os procedimentos da Junta Comercial local.