Bom dia, Natália,
Vou explicar como funciona esse processo, que realmente tem uma particularidade importante quando envolve filiais em estados diferentes do estado da matriz.
O ponto central aqui é que uma filial localizada em outro estado possui registro próprio na Junta Comercial daquele estado, além de constar no registro consolidado da empresa arquivado na Junta da matriz. Isso decorre da forma como o sistema de Registro Mercantil funciona no Brasil, em que cada estabelecimento situado fora do estado da sede precisa ter sua abertura comunicada e registrada na Junta Comercial do estado onde está localizado. É justamente por isso que o procedimento de encerramento muda dependendo de onde fica a filial.
Para as duas filiais que estão em São Paulo, o processo é mais simples, porque tanto a matriz quanto essas filiais estão sob a jurisdição da Jucesp. Nesse caso, você elabora o instrumento de alteração contratual (ou ata, dependendo do tipo societário da empresa) formalizando o encerramento dessas duas filiais e registra tudo em um único processo na própria Jucesp, com uma DBE específica para esse ato. Como a Junta é a mesma, não existe necessidade de levar nada a outra Junta Comercial.
Já para as filiais do Rio de Janeiro e do Paraná, o procedimento realmente envolve duas etapas. A primeira é registrar o instrumento de alteração contratual na Jucesp, já que qualquer alteração no contrato social da empresa como um todo precisa necessariamente ser arquivada na Junta da matriz, que é o registro principal da sociedade. A segunda etapa é levar esse mesmo instrumento, ou um extrato dele, para ser também registrado na Junta Comercial do Rio de Janeiro e na Junta Comercial do Paraná, formalizando a baixa da filial perante o registro local de cada estado. Isso exige gerar uma DBE separada em cada uma dessas Juntas, já que o sistema de DBE está vinculado à Junta específica de cada estado, então você terá três protocolos distintos no total, um na Jucesp cobrindo a alteração geral e as duas filiais paulistas, um na Junta do Rio de Janeiro e um na Junta do Paraná.
Depois que o encerramento é registrado na Junta Comercial competente de cada estado, a baixa do CNPJ de cada filial normalmente ocorre de forma automática, por meio da integração via Redesim entre a Junta Comercial e a Receita Federal, sem necessidade de um processo separado direto no site da Receita.
Além do registro societário, vale ficar atento a outros pontos que costumam acompanhar o encerramento de filiais. É necessário providenciar a baixa da inscrição estadual em cada Secretaria da Fazenda onde a filial estava inscrita, e também a baixa da inscrição municipal na prefeitura, caso exista, principalmente se a filial prestava serviços sujeitos a ISS. Se houver funcionários lotados nessas filiais, é preciso conduzir as rescisões contratuais e encerrar as obrigações trabalhistas relacionadas, incluindo eSocial e eventual movimentação de FGTS. Caso existam estoques, bens do ativo imobilizado ou mercadorias nessas unidades, também é importante organizar a transferência desses itens para a matriz ou para outra filial que continuará ativa, com a emissão da nota fiscal de transferência correspondente, respeitando as regras de ICMS do estado de origem.