Bom dia, Natália,
A situação que você descreve é bastante comum na Jucesp quando se trata de encerramento de filial de Empresário Individual, e vale entender o porquê.
O encerramento de filial, do ponto de vista registral, é tratado como uma alteração do registro do empresário individual, e não como um encerramento da empresa em si. Afinal, a personalidade jurídica do Empresário Individual é una, ou seja, ele existe como um único registro, sendo as filiais apenas extensões desse registro principal. Quando você vai encerrar uma delas, o sistema da Jucesp interpreta corretamente o ato como uma alteração cadastral, já que o registro-matriz continua ativo.
Por isso, a geração apenas da capa do processo sem o Requerimento de Empresário padrão de baixa é normal nesse fluxo. O sistema entende que não há extinção do registro, apenas uma modificação dele.
O caminho correto nesse caso é montar um Requerimento de Empresário no formato de alteração, indicando especificamente o encerramento da filial. Nesse requerimento você vai consignar os dados da filial que está sendo baixada, a data do encerramento das atividades naquele estabelecimento e a manutenção do registro da empresa matriz. O documento deve seguir o modelo padrão de alteração da Jucesp, com assinatura do titular e reconhecimento de firma ou certificação digital, conforme o canal utilizado.
Uma orientação prática: antes de protocolar, vale conferir na própria central de atendimento da Jucesp ou pelo canal de suporte deles se há algum checklist específico para esse tipo de processo, pois eventualmente pode ser solicitado também um documento complementar de comprovação de encerramento das atividades na filial, como distrato de locação ou similar, a depender do analista.
Se você estiver usando o Portal Empresa Fácil ou o sistema integrado com a Redesim, o fluxo costuma gerar exatamente essa estrutura que você descreveu, então a montagem manual do requerimento de alteração é mesmo o procedimento esperado.