Olá Priscila, tudo bem?
Entendo que a única solução nessa situação, poderia contabilizar essas saídas como empréstimo ao sócio (conta: “Empréstimos a Sócios” ativo).
E então, futuramente, fazer a regularização por meio de restituição à empresa, e precisa formalizar um contrato de mútuo entre as partes.
A sua orientação ao cliente foi correta, e manter o controle disso na contabilidade é essencial para evitar problemas com a Receita Federal.
Espero ter ajudado!