Olá Franciele, tudo bem?
Mesmo que o desenquadramento do MEI tenha ocorrido formalmente apenas em abril, a contabilidade como empresa "fora do MEI" pode ser feita a partir dessa data (no caso Maio), somente.
Então:
Janeiro a abril: ainda era MEI, sem obrigatoriedade de contabilidade regular.
A partir de maio: inicia-se a contabilidade formal, mesmo que não tenha havido faturamento, pois a empresa já está sob outro regime (provavelmente Simples Nacional). Mas o que você irá fazer é um balanço de abertura, compondo os saldos anteriores, de clientes a receber, fornecedores a pagar, estoques se houver, saldos bancários, entre outros.
Espero ter ajudado!