Sim, existe um risco real de chamar a atenção do Fisco ao retificar múltiplos períodos de vários anos de uma só vez, então vale planejar bem antes de simplesmente começar a retificar tudo.
Primeiro, um esclarecimento importante sobre o procedimento em si, especificamente para GIA em São Paulo: a substituição de GIA quando o valor do ICMS a pagar indicado na guia retificada for inferior ao valor da guia original não é automática ela fica sujeita a exame e deferimento do Chefe do Posto Fiscal de vinculação do contribuinte, conforme o art. 17 do Anexo IV da Portaria CAT 92/98 . Ou seja, se a correção do saldo credor incorreto resultar em MENOS imposto devido em algum desses meses, essa retificação específica não será simplesmente aceita automaticamente pelo sistema ela será analisada manualmente pelo Posto Fiscal, o que já é, por si, um ponto de atenção direta sobre o seu caso. Se, ao contrário, a correção resultar em MAIS imposto devido, a retificação tende a ser mais direta, mas ainda assim gera a obrigação de recolher a diferença com multa de mora e juros Selic.
Segundo, sobre o risco de retificar vários anos de uma vez: há um caso real e bem documentado que ilustra exatamente essa preocupação. Um escritório de contabilidade que identificou atrasos na entrega de GIAs de vários clientes ao longo de cinco anos foi, de boa-fé, ao Posto Fiscal, buscando se proteger por meio de denúncia espontânea para cada uma das guias entregues em atraso e o resultado foi que todos os clientes do escritório acabaram sendo autuados pelo Fisco paulista, com multa de 1% sobre o valor das operações de saída, justamente porque a confissão em massa passou a ser informação central que o próprio Fisco usou para lavrar as autuações . Esse caso mostra que buscar a denúncia espontânea sem uma estratégia bem pensada pode ter o efeito oposto ao pretendido.
Ainda assim, a denúncia espontânea continua sendo uma proteção real e válida: quando a solicitação de retificação é feita antes de qualquer procedimento fiscal já iniciado, ela produz os efeitos do art. 138 do CTN, afastando a multa de ofício (a mais gravosa, que pode chegar a 150% em casos de fraude qualificada) mas isso não afasta a multa de mora nem os juros Selic sobre eventual imposto identificado a maior nessas correções .
Diante desse cenário, a orientação prática é:
Primeiro, faça um levantamento completo e detalhado de todos os meses afetados, calculando exatamente o impacto de cada correção se aumenta ou reduz o imposto devido em cada competência antes de submeter qualquer retificação, para ter clareza total do quadro geral e poder decidir a melhor estratégia com base no impacto financeiro real.
Segundo, verifique a decadência dos períodos mais antigos, especialmente os de 2021: o prazo decadencial do ICMS é de cinco anos, então competências do início de 2021 podem já estar no limite ou até além desse prazo, dependendo do mês exato e da regra de contagem aplicável se algum período já estiver decaído, pode não ser necessário (nem recomendável) retificá-lo, já que o Fisco não teria mais o direito de cobrar eventual diferença relativa a ele.
Terceiro, dado o volume e a complexidade dessa situação (vários anos, múltiplas competências, envolvendo GIA e SPED ICMS simultaneamente), recomendo fortemente buscar orientação de um advogado tributarista especializado antes de iniciar qualquer retificação em massa, para desenhar a estratégia mais segura que pode incluir uma consulta prévia e mais cuidadosa junto ao próprio Posto Fiscal, explicando o contexto e buscando orientação sobre a forma mais adequada de regularização, em vez de simplesmente submeter dezenas de retificações de uma vez, o que, como o caso relatado mostra, pode gerar mais atenção do que proteção.