Boa tarde, Camila
Sobre a emissão de Nota Fiscal de Serviço (NFS-e) para operações com imóveis no município de São Paulo, é importante separar dois pontos: o que a legislação prevê e o que o sistema da prefeitura de fato já permite.
O que a lei diz
O ISS incide sobre a locação de bens imóveis? A resposta é não. A locação de imóveis em si não é um serviço tributável pelo ISS, conforme o entendimento consolidado pelo STF (Súmula Vinculante 31) e também pela própria lista de serviços da Lei Complementar 116/2003. Portanto, sobre o aluguel puro de um imóvel, não há obrigação de emissão de NFS-e, justamente porque não há incidência de ISS.
Onde pode surgir confusão
Algumas situações ligadas a imóveis são sim tributáveis pelo ISS e, portanto, exigem NFS-e. É o caso de serviços de administração de imóveis, intermediação de locações, assessoria imobiliária, entre outros. Nesses casos, a nota é emitida sobre o valor da comissão ou honorário do prestador de serviço, não sobre o valor do aluguel em si.
Sobre o sistema da Prefeitura de São Paulo
O sistema NFS-e do município de São Paulo (acessado pelo portal da Nota Fiscal Paulistana) não disponibiliza um código de serviço específico para locação de imóveis, exatamente porque essa operação não é tributável pelo ISS. Se o seu caso é de administração ou intermediação de imóveis, esses serviços já possuem código previsto e a emissão pode ser feita normalmente pelo sistema.
Se a dúvida surgiu em algum contexto específico, como por exemplo uma prefeitura que esteja tentando cobrar ISS sobre aluguel, vale verificar se existe alguma lei municipal contrária ao entendimento federal, mas nesse caso já haveria uma irregularidade a ser questionada.