Olá Priscila. Bom dia.
A migração do sistema atual (com tributação monofásica de PIS/Cofins) para o modelo de IVA Dual (IBS e CBS) na Reforma Tributária muda substancialmente a dinâmica fiscal para o varejo farmacêutico.
1. No "Simples Nacional Puro", a drogaria pode usar as reduções de alíquota?
Não de forma direta.
No modelo do Simples Nacional Puro (recolhimento unificado no DAS), a empresa paga uma alíquota única calculada com base na tabela do Anexo I (Comércio).
As reduções de alíquota previstas na Reforma Tributária (como a isenção/alíquota zero para medicamentos da Cesta Básica de Saúde ou a redução de 60% no IBS/CBS para os demais medicamentos registrados na Anvisa) aplicam-se à apuração do regime regular do IBS e da CBS.
Se a drogaria permanecer no Simples Nacional puro, ela continua pagando a parcela de IBS/CBS dentro da alíquota progressiva do DAS, sem aplicar diretamente o benefício de alíquota reduzida ou isenção item a item.
2. É obrigatório ir para o "Regime Híbrido"?
A Reforma Tributária facultou às empresas do Simples Nacional a Opção pelo Regime Híbrido (Segregação do IBS e da CBS):
Como funciona o Regime Híbrido: O contribuinte permanece no Simples Nacional para os demais tributos (IRPJ, CSLL, CPP), mas opta por apurar o IBS e a CBS pelo regime regular de débito e crédito (fora do DAS).
Vantagem para a drogaria no Regime Híbrido: Ao apurar o IBS e a CBS fora do DAS, a drogaria passa a ter direito de aplicar as alíquotas diferenciadas dos medicamentos (alíquota zero ou redução de 60%), além de tomar crédito do IBS/CBS sobre suas compras de mercadorias.
3. Fim do Monofásico de PIS/Cofins: Existe algum outro benefício no Simples Puro?
Com a extinção gradual do PIS e da Cofins (substituídos pela CBS), o benefício da segregação da receita monofásica no DAS deixa de existir.
Caso a drogaria opte por continuar no Simples Nacional Puro:
Repasse do Crédito para Empresas/Convênios: O cliente da drogaria (no caso de vendas para empresas, clínicas ou planos de saúde) só poderá tomar crédito do IBS/CBS no valor reduzido pago via DAS, o que pode retirar a competitividade da drogaria no canal B2B.
Sem Abatimento do Custo dos Medicamentos: Como a tributação no DAS incide sobre a receita bruta total e o monofásico acaba, a drogaria pagará a alíquota cheia do DAS sobre todo o faturamento de medicamentos, sem deduzir nada na linha do IBS/CBS.
Único "Benefício" Remanescente: A manutenção da simplificação operacional (pagamento em guia única) e a tributação favorecida para a parcela dos tributos federais diretos (IRPJ/CSLL) e previdenciários (CPP).
Resumo Estratégico para a Tomada de Decisão
Para drogarias, o Regime Híbrido (ou até a migração completa para o Lucro Presumido/Real) tende a ser financeiramente mais vantajoso do que o Simples Nacional puro, pelos seguintes motivos:

Recomendação: Será indispensável realizar um planejamento tributário detalhado via cadastro de produtos (separando o mix de vendas entre medicamentos isentos, medicamentos com alíquota reduzida e produtos de perfumaria/higiene com alíquota cheia) para decidir a opção da empresa nas janelas de escolha abertas pelo governo.
Espero ter ajudado.