A Receita pode entender de forma errada, até porque uma empresa, mesmo a dona sendo sócia da outra, tem prestado ou vendido um produto que não tem em seu CNPJ, e isso não é permitido.
Apesar da sócia estar nos dois CNPJS, as empresas são únicas, cada uma com sua atividade.
A melhor solução seria acrescentar no CNPJ a atividade que falta, e faturar a Nota Fiscal e o Faturamento na própria empresa que prestou ou vendeu o produto.
Espero ter ajudado.