Olá Priscila, boa noite.
Sim, é possível proceder com a baixa de uma empresa mesmo que haja dívidas pendentes. A Lei Complementar nº 147/2014 simplificou esse processo, permitindo o encerramento das atividades mesmo quando os tributos e taxas não estão integralmente quitados. Entretanto, é importante salientar que ao optar por essa medida, o empresário se responsabiliza pelos débitos existentes.
No que se refere aos registros contábeis, é necessário elaborar o Balanço de Encerramento, com o objetivo de zerar os saldos na data da baixa. O passivo, que inclui as dívidas com fornecedores, pode ser transferido para o sócio. A partir da data de baixa, qualquer transação que ocorra será de responsabilidade do sócio, não havendo necessidade de registro contábil adicional.
Espero ter ajudado!