Olá Clecio, tudo bem?
Primeiramente, é importante entender que a legislação determina que, para a distribuição de lucros ser isenta de IR, a empresa precisa estar com a contabilidade em dia, a fim de verificar se realmente há lucro disponível para distribuição.
Nesse caso, o ideal seria que a retirada fosse feita como pró-labore na folha de pagamento, garantindo o correto recolhimento dos encargos. Como isso não foi realizado, não há uma forma totalmente "correta" de contabilizar essas retiradas.
Uma alternativa seria registrá-las como empréstimo ao sócio, desde que seja formalizado um contrato estabelecendo os valores, prazo de pagamento e demais condições. Além disso, é essencial orientar o cliente sobre a melhor forma de proceder daqui para frente.
Espero ter ajudado!