Olá Rafaela, boa noite.
Emissão do CT-e Substituto:
O CT-e substituto é emitido para corrigir erros que ocorreram na emissão do CT-e original.
No seu exemplo, o CT-e AAA foi emitido em 01/01/2024 no valor de R$ 1.000,00, mas após a manifestação de desacordo pelo tomador, foi necessário emitir o CT-e BBB em 01/02/2024 no valor de R$ 1.100,00.
Contabilização do CT-e Substituto:
O CT-e BBB deve ser contabilizado normalmente como um documento fiscal.
Na escrituração contábil, ele será registrado como um documento regular (código de situação do documento = 00).
O valor de R$ 1.100,00 será lançado nas contas contábeis apropriadas, como “Receita de Serviços” ou similar.
Estorno dos Débitos de ICMS e PIS/COFINS:
O CT-e AAA, que foi substituído, precisa ser estornado.
O estorno dos débitos de ICMS e PIS/COFINS deve ser feito na competência em que o CT-e AAA foi originalmente emitido (01/01/2024).
O valor de R$ 1.000,00 deve ser lançado como dedução nas mesmas contas contábeis em que foi registrado inicialmente.
Essa operação de estorno deve ser realizada de acordo com as regras fiscais e contábeis vigentes, e práticas contábeis da sua empresa.
Espero ter ajudado