Olá, Ana! Tudo bem?
Para fins de ECD, deve-se observar qual era o CNPJ da matriz vigente em 31/12 do ano-calendário da escrituração.
No seu caso, como em 31/12/2024 o CNPJ 0002 já era a matriz, a ECD do ano de 2024 deve ser entregue com esse CNPJ (0002), mesmo que a alteração tenha ocorrido somente em outubro e o CNPJ anterior (0001) tenha sido baixado apenas em janeiro de 2025.
Essa orientação está no Manual da ECD, que determina que a escrituração deve ser transmitida com o CNPJ da matriz vigente ao final do período.
Espero ter ajudado!