Olá Aline, tudo bem?
É recomendado que você mantenha apenas os documentos de valor fiscal, como notas fiscais com CNPJ do cliente. Recibos simples e cupons fiscais sem CNPJ podem não ser considerados documentos válidos para fins contábeis.
Para te auxiliar melhor, sugiro a seguinte leitura:
https://cfc.org.br/wp-content/uploads/2016/02/NBCT_2.pdf
E no caso da empresa usar a conta do banco PJ para despesas pessoais, é importante separar claramente as despesas pessoais das despesas da empresa. Recomenda-se criar uma conta pessoal separada para registrar as despesas pessoais e manter a conta do banco PJ exclusivamente para as despesas da empresa. Dessa forma, você poderá lançar apenas as despesas relacionadas ao negócio. E para não deixar de cumprir o princípio da entidade: “Art. 4º O Princípio da ENTIDADE reconhece o Patrimônio como objeto da Contabilidade e afirma a autonomia patrimonial, a necessidade da diferenciação de um Patrimônio particular no universo dos patrimônios existentes, independentemente de pertencer a uma pessoa, um conjunto de pessoas, uma sociedade ou instituição de qualquer natureza ou finalidade, com ou sem fins lucrativos. Por consequência, nesta acepção, o Patrimônio não se confunde com aqueles dos seus sócios ou proprietários, no caso de sociedade ou instituição.”
A partir de agora, oriente ao cliente fazer a transferência para a conta do sócio (seja pró-labore, empréstimo, distribuição de lucros) e a partir daí, o sócio da conta pessoal dele, paga as suas despesas pessoais.
Espero ter ajudado!