Olá Ariel, tudo bem?
Neste caso a alternativa seria o que você citou. Pois, os fatos contábeis devem ser reconhecidos na data em ocorreram.
Então, os recebimentos você poderá contabilizar como antecipação de cliente e as notas fiscais você irá contabilizar na data de emissão.
Após, transferir o saldo de antecipação para clientes a receber.
Mas, oriente o cliente a não manter essa prática, uma vez que não está correta. O correto é o seu cliente emitir a nota na data em que de fato ocorreu a venda para o cliente.
Espero ter ajudado!