Olá Maria Larissa, tudo bem?
Entendo que o ideal é seguir o extrato bancário disponibilizado pelo cliente, pois ele reflete a movimentação real da conta. Se um Pix for realizado no final do mês, mas só cair no mês seguinte, ele deve ser contabilizado conforme a data da compensação bancária.
Mas se a Sefaz considerar o Pix no mês de emissão, mas o banco só registrar no mês seguinte, pode ser necessário talvez criar uma conta de compensação bancária também.
Você pode lançar como um crédito a receber no mês de emissão e baixar no mês seguinte, quando efetivamente cair na conta.
Espero ter ajudado!