Olá Giovanna, tudo bem?
Entendo que se as duas empresas são juridicamente distintas, mesmo tendo o mesmo dono, é possível que uma pague aluguel para a outra, desde que isso seja feito de forma formal e adequada.
A empresa que vai receber o aluguel precisa ter essa atividade prevista no contrato social e também no seu CNAE, como, por exemplo, o de locação de bens próprios. É importante que exista um contrato de locação entre as partes, com todas as condições acordadas, como valor, prazo, reajuste e forma de pagamento.
Nesse tipo de operação, normalmente não há necessidade de emissão de nota fiscal, apenas do contrato e do recibo de aluguel. No entanto, vale verificar se a prefeitura do município onde está localizada a empresa locadora não exige nota fiscal para esse tipo de receita, pois em alguns locais essa exigência pode existir.
Do ponto de vista contábil, a empresa que paga o aluguel registra isso como despesa, afetando o resultado do período, e a empresa que recebe contabiliza como receita.
Espero ter ajudado!