Olá Maria, boa noite.
Quando você retifica uma ECF, a multa não é aplicada no momento da retificação. A multa é aplicada se a ECF não for apresentada no prazo ou se for apresentada com incorreções ou omissões. Se você corrigir as inexatidões, incorreções ou omissões antes de iniciar qualquer procedimento de ofício, não será devida a multa. Além disso, se a retificação for feita no prazo fixado em intimação, o valor da multa fica reduzido em 50%.
Portanto, após a retificação da ECF de 2020, você não precisa gerar manualmente a multa, desde que as correções sejam feitas antes de qualquer procedimento fiscal ser iniciado. Se precisar de mais informações ou tiver dúvidas específicas sobre o processo, recomendo entrar em contato com a Receita Federal.
Espero ter ajudado!