Olá Akelysson, boa noite.
Para calcular o PIS e COFINS a recuperar na operação com mercadorias, sendo a empresa tributada pelo Lucro Real, você precisa considerar a alíquota básica desses impostos, que são de:
PIS: 1,65%
COFINS: 7,60%
Essas alíquotas são aplicadas sobre o valor das mercadorias adquiridas. É importante verificar se o seu fornecedor está no regime do Lucro Real ou do Lucro Presumido, pois isso impactará na forma como esses impostos são destacados na nota fiscal.
Normalmente, a informação sobre a alíquota já vem discriminada no documento fiscal emitido pelo fornecedor. Caso não esteja especificado, você pode verificar diretamente com o fornecedor para confirmar o regime tributário dele, especialmente se isso não estiver claro na documentação recebida.
Dessa forma, ao contabilizar e escriturar a entrada das mercadorias, você utilizará as alíquotas adequadas de PIS e COFINS para calcular o valor a ser recuperado na escrituração fiscal da empresa.
Espero ter ajudado!