Olá Fernanda, tudo bem?
Você pode lançar esses pagamentos como empréstimos da empresa ao sócio, mas é importante formalizar isso com um contrato, ter prazos de devolução do empréstimo, entre outros.
Para se resguardar, oriente por escrito pode ser um e-mail ou documento assinado explicando que o ideal seria a retirada via pró-labore, como empréstimo ou distribuição de lucros (se houver), e que o uso da conta da empresa para despesas pessoais fere o princípio da entidade.
Espero ter ajudado!