Olá Nivaldo, tudo bem?
Em regra geral, se as compras pertencem ao CNPJ, essas devem estar no CNPJ da empresa e não no CPF, devido ao principio da entidade que diz que:
“Art. 4º O Princípio da ENTIDADE reconhece o Patrimônio como objeto da Contabilidade e afirma a autonomia patrimonial, a necessidade da diferenciação de um Patrimônio particular no universo dos patrimônios existentes, independentemente de pertencer a uma pessoa, um conjunto de pessoas, uma sociedade ou instituição de qualquer natureza ou finalidade, com ou sem fins lucrativos. Por consequência, nesta acepção, o Patrimônio não se confunde com aqueles dos seus sócios ou proprietários, no caso de sociedade ou instituição.”
https://cfc.org.br/wp-content/uploads/2016/02/NBCT_2.pdf
Neste caso, entendo que não teria uma solução legal para contabilização de notas que estão no CPF do seu cliente.
Espero ter ajudado!