Olá Arthur, tudo bem?
O ISS é um imposto municipal que incide sobre serviços de transporte individual de passageiros, inclusive os realizados por aplicativos. No caso dos apps, o ISS deve ser recolhido sobre o valor cobrado pelo serviço.
Normalmente, o aplicativo é o responsável por reter e recolher o ISS (conforme previsto em legislações municipais e no Convênio ICMS 152/2015), já que ele atua como intermediário. Contudo, recomendo que você consulte a legislação municipal da cidade em questão para confirmar essa prática.
O ISS deve ser recolhido para o município onde o serviço foi efetivamente prestado, ou seja, onde o passageiro embarcou ou onde a corrida ocorreu, e não para a cidade onde o aplicativo está sediado.
Para aprofundar seu estudo, sugiro que analise:
A legislação municipal de ISS da cidade em questão;
O Convênio ICMS 152/2015, que trata da retenção do ISS pelos aplicativos;
Discussões sobre a tributação do transporte por apps em diferentes municípios;
Impactos para os motoristas e para as prefeituras;
Casos práticos e decisões judiciais recentes relacionados ao tema.
Espero ter ajudado!