Olá José
Sim, a estratégia que você propõe pode funcionar para evitar ou reduzir a incidência do DIFAL na aquisição interestadual da matriz, se bem estruturada.
A filial em SP adquire os produtos e a matriz em MG não faz a compra interestadual direta.
A transferência da filial para a matriz, se for entre estabelecimentos da mesma titularidade, não geraria ICMS nem DIFAL nessa transferência.
Nesse caso, a matriz venderia como varejista em MG, tendo o estoque vindo da filial, o que evita a antecipação de alíquotas via aquisição interestadual direta.
Contudo, deve-se validar no âmbito estadual (SP/MG) se não há alguma regra específica que contrarie esse entendimento ou imponha obrigação acessória diferente.
Espero ter ajudado.