Olá Lillian
Quando a empresa de engenharia é optante pelo Simples Nacional, com alíquota efetiva total de 11,65% e parcela de ISS correspondente a 4,66%, e o município onde o serviço foi executado fixa alíquota de ISS de 1,25% para reforma, a retenção na fonte deve observar a legislação municipal. Assim, em caso de retenção, aplica-se a alíquota municipal de 1,25%, pois o tomador retém conforme a regra local, e não com base na alíquota efetiva do Simples. Esse valor retido poderá ser informado e compensado no PGDAS-D, evitando bitributação.
Para fins de composição do BDI, contudo, o percentual de ISS a ser considerado deve ser aquele que representa o custo tributário efetivo da empresa sobre a receita bruta, ou seja, a alíquota efetiva do ISS dentro do DAS (4,66%). Isso porque o BDI deve refletir a carga tributária real suportada pela empresa na formação do preço. A alíquota municipal de 1,25% é apenas a forma de retenção ou antecipação do imposto, não correspondendo ao custo total do ISS no regime do Simples. Portanto, o critério tecnicamente mais adequado para o BDI é utilizar a alíquota efetiva do ISS apurada no Simples Nacional.
Espero ter ajudado.