Olá Carlos
A Regra geral do ISS (LC 116/2003, art. 3º): o imposto é devido no município do estabelecimento prestador. Tem as exceções, como serviços de construção civil, saúde, planos de saúde, cartão de crédito, leasing etc.) onde o ISS é devido no município do tomador.
O seu caso não está na lista de exceções e apesar de prestar o serviço para a empresa de São Paulo, o seu cliente executa a atividade em seu domicílio por isso, mesmo sendo online, o ISS é devido ao município onde se localiza o estabelecimento do prestador - Florianópolis/SC.
2. Não sujeitos ao fator “r” e tributados pelo Anexo III, sem retenção/substituição tributária de ISS, com ISS devido ao próprio Município do estabelecimento.
Espero ter ajudado.